Biomarker- und Assay-Entwicklungsservice

Wir bieten innovative Hochdurchsatztechnologien in Kombination mit eigens entwickelten, workflowbasierten Softwaretools für die Datenanalyse, um unsere Partner*innen und Kund*innen bei der Definition von Biomarkern für die personalisierte Medizin und die frühe und schnelle Erkennung von Krankheiten zu unterstützen.

DIAGNOSTIK KOMPLEXER KRANKHEITEN

Biomarker sind körpereigene Moleküle, die für bestimmte Krankheiten spezifisch sind. Sie können entweder in erkrankten Organen oder in Körperflüssigkeiten wie Serum, Urin und Speichel gefunden werden. Komplexe Krankheiten und Krebs sind mit umfangreichen genetischen Veränderungen verbunden, die komplexe Auswirkungen auf die Genregulation, -expression und -translation haben. Zur Verbesserung der Krankheitsdiagnose und -behandlung sind multivariate Analysen verschiedener Biomoleküle erforderlich, um der Komplexität der Krankheit Rechnung zu tragen. Wir verfügen über eine langjährige Expertise in genomweiten Screenings zur Aufklärung veränderter Profile von RNA (mRNA und smallRNA), DNA (strukturelle Veränderungen und Mutationen) und insbesondere in DNA-Methylierung und Serum-Autoantikörper-basierten Analysen. Die bioinformatische Datenanalyse von genomweiten Entdeckungen identifiziert Markerkandidaten. Mithilfe maßgeschneiderter Software-Tools für die Batch-Verarbeitung werden gezielte Assays entwickelt und für die Validierung von Markern eingesetzt, um minimal-invasive Diagnostik zu entwickeln.   
Wir unterstützen klinische und industrielle Partner bei der Projektplanung und agieren als Technologieanbieter und Assayentwickler. Gemeinsam stellen wir geeignete Projekte auf, um diagnostisch relevante Fragen zu beantworten und die Herausforderungen der translationalen Forschung zu meistern.

TECHNOLOGIE

• Hochdurchsatz-Extraktion von Nukleinsäuren (DNA, cfDNA, miRNA, mRNA), Peptiden und Proteinen aus einer Vielzahl verschiedener Arten klinischer Proben, einschließlich Flüssigbiopsien (frisches gefrorenes Gewebe, FFPE, Blut, Plasma, Serum, Sputum, Speichel, Nasopharyngealaspirate, Nasenspülproben).
• Proteinexpression und Proteinaufreinigung im Hochdurchsatz
• OMICS Entdeckungslösungen:
  • EPIGENOMICS: Illumina EPIC BeadArrays (epigenomweite DNA-Methylierung)
  • PROTEOMICS: gezieltes Screening von Serumproteinmarkern (OLINK 92-Plex-Panels für Kardio, Krebs, Neuro, Entzündung, ...)
  • IMMUNOMICS: (Auto-)Antikörper-Profiling mit AIT's kundenspezifischem 16k Humanprotein-Array; Nimblegen kundenspezifische Peptid-Arrays mit hoher Dichte (zwei Formate verfügbar: 1 Probe/Slide mit 6 Millionen Spots/Probe oder 12 Proben/Slide mit 392k Spots/Probe)
• Verschiedene kundenspezifische Assay-Entwicklungen für die Validierung von Markerkandidaten:
  • (q) PCR- und NGS-basierte Validierung einschließlich Assay-Design und Assay-Qualifizierung
    • Methylierungssensitive Restriktionsenzym-basierte (q) PCR (MSRE-qPCR)
    • Nanofluidische qPCR mit hohem Durchsatz für Genotypisierung und MSRE-basierte Technologien (bis zu 96 Assays x 96 Targets)
    • Methylierungsspezifische PCR (MSP)
    • Gezielte tiefe Amplikon-Bisulfit-Sequenzierung (TDBS)
  • Peptide und Proteine:
    • Gezielte Protein- und Peptid-Mikroarrays
    • Luminex-basierte Multiplex-Immunoassays (Multiplexing bis zu 250)
    • (On-Chip) Multiwell- und klassische ELISA-Assays
• Bioinformatik:
  • Hochdurchsatz-Design-Tools für (q)PCR- und NGS-Assays (SNP; MSRE/MSP/TDBS-basierte DNA-Methylierung)
  • Datenanalyse: Multivariate Statistik und bioinformatische Analysen
  • Maßgeschneiderte Software-Lösungen