Bei der Konservierung von Mikrobiomen müssen zwei Hauptfragen beantwortet werden - was sollte konserviert werden und wie kann es am besten erhalten werden?
Wie können Mikrobiome - darunter Bakterien, Archaeen, Pilze, Algen, Protisten und Viren - "auf die Bank" gebracht und für künftige Generationen erhalten werden? Ein Team aus Wissenschaftler*innen fand sich unter der Leitung von Dr. Matthew Ryan (CABI) zusammen um dieser Frage nachzugehen. Das Paper ist ein Ergebnis des EU-Projekts MicrobiomeSupport, das von der Koautorin Dr. Angela Sessitsch (AIT) koordiniert wurde. Die Expert*innen stellen ihr Ergebnis in der Zeitschrift „Trends in Microbiology“ vor und weisen darauf hin, dass die derzeitige Biobanking-Infrastruktur "fragmentiert und nicht auf das Biobanking von Mikrobiomen vorbereitet ist".
Dr. Ryan, Kurator der Genetischen Ressourcensammlung von CABI, sagte: "Das Forschungsgebiet der Mikrobiome entwickelt sich rasch weiter, aber die erforderliche Biobanking-Infrastruktur ist derzeit fragmentiert und nicht auf das Biobanking von Mikrobiomen vorbereitet. Der rasche Fortschritt der Technologien erfordert eine dringende Bewertung der Frage, wie Biobanken die Forschung durch die Erhaltung von Mikrobiomproben und ihres funktionellen Potenzials unterstützen können".
Dr. Angela Sessitsch erklärt, dass es zwei wesentliche Fragen gibt, die bei der Konservierung von Mikrobiomen beantwortet werden müssen - was sollte konserviert werden und wie kann es am besten erhalten werden? Bereits der Verlust einer einzelnen mikrobiellen Komponente bei der Lagerung kann die Zusammensetzung und Funktionalität vollständig verändern.
"Die Frage, warum und was konserviert werden soll, ist umstritten und dient letztlich nicht nur der Unterstützung der Forschungsqualität und der Erzeugung neuer mikrobieller Produkte aus Mikrobiomen, die einen kommerziellen Wert haben, und in Zeiten des Klimawandels von großer Bedeutung sind" sagte sie. "Ebenso muss sichergestellt werden, dass Produkte wie Probiotika über die Zeit stabil bleiben".
Die Kryokonservierung wird seit den 1960er Jahren als Goldstandard für die mikrobielle Lagerung eingesetzt. Die größte Herausforderung ist die Entwicklung und Bewertung optimierter Methoden zur Konservierung von Mikrobiomen. Dr. Tanja Kostic (Competence Unit Bioresources am AIT) hat, in Kollaboration mit einen Expertenteam, ein Konzept erarbeitet, wie man diese Fragestellungen für die Mikrobiome im Zusammenhang mit der Produktion von gesunden Lebensmitteln und einer gesunden Umwelt erforschen kann. Die Expertin erklärt: „Das wichtigste ist aus anderen Bereichen, wie Humanmikrobiom-Biobanking, zu lernen und Möglichkeiten zu finden etablierte Ressourcen und Infrastrukturen zu verbinden und auszubauen.“