Bioinformatics

Wir verwenden und entwickeln innovative statistische und bioinformatische Methoden und bieten statistische Unterstützung bei Validierungsstudien. Unsere Services reichen von Experimentplanung über "Feature Selection" und Assay-Standardisierung bis zur Entwicklung von "Decision support systems". Ein besonderer Fokus unserer Forschung liegt auf der Analyse von Sequenzierdaten. Aufgrund unserer umfassenden Erfahrung mit der Analyse von Daten verschiedensten Sequenziermethoden können wir hier bestmöglichste Unterstützung garantieren.

Cloud basierte Analysepalttformen

Ein Schwerpunkt liegt auf der Entwicklung von Methoden um die klinische Forschung zu unterstützen. Dabei setzen wir benutzerfreundliche, effiziente und modulare Workflow-Systeme ein, die es Forschern ohne informatischen Hintergrund ermöglichen Analyseaufgaben exakt und zuverlässig zu erledigen. Im Zuge dieser Projekte betreiben wir eine enge Kollaboration mit dem, am AIT entstandenen Start-Up, Platomics (http://www.platomics.com).

Forschungsangebote und Services

  • Experimentplanung: Probenselektion, Wahl der Plattform, bewährte Praktiken
  • Assay Design & Analyse für die Validierung von Biomarkern: Screenings mithilfe von Microarrays und Sequenzanalysen, kundenspezifische Datenanalyse
  • Maßgeschneiderte Module für die Identifizierung und Validierung von Biomarkern: Multivariate Statistiken, Ermittlung und Einsatz der richtigen statistischen Modelle
  • Datenanalyse von NGS Experimenten: Whole-Genome Sequencing, Whole-Exome Sequencing, RNA Sequencing, Bisulfite Sequencing
  • Entwicklung von “Decision support systems” basierend auf Biomarkern und klinischen Studien
  • Durchführung von Mikrobiom Studien: Analysesetup, Datenanalyse und Auswertung der Ergebnisse
  • Genome Assembly: Generierung von Contigs and Scaffolds, Genidentifizierung und Bestimmung, Homologieanalyse
  • Pipeline Enwicklung: NGS Datenanalyse, qPCR Datenanalyse, Erstellung von graphischen Eingabemasken für Benutzer ohne bioinformatischen Hintergrund

Publikationen

Vierlinger et al. Identification of SERPINA1 as single marker for papillary thyroid carcinoma through microarray meta analysis and quantification of its discriminatory power in independent validation. BMC Med Genomics.

Pabinger et al. A survey of tools for variant analysis of next-generation genome sequencing data. Brief Bioinform, 2013.