Biomarker Discovery & Validation

Die Business Unit Molekulare Diagnostik am AIT beschäftigt sich mit der frühzeitigen Diagnose und dem Therapiemonitoring chronisch und altersbedingter Erkrankungen. Der Schwerpunkt liegt dabei auf der Entwicklung von Nukleinsäure- und Autoantikörper-basierten Biomarker-Panels und reicht vom Screening über die Biomarker-Validierung bis hin zur Entwicklung maßgeschneiderter, neuartiger Diagnosetests für klinische und industrielle Partner. Bei der Diagnostiktest-Entwicklung liegt der Fokus neben Blut-basierten Tests insbesondere auf Speicheltests, zumal Speichel als nicht-invasive Probenmatrix ganz neue Anwendungsmöglichkeiten in der Gesundheitsvorsorge und im Therapie-Monitoring eröffnet.

Das Portfolio eigener F&E Programme umfasst derzeit eine Vielzahl onkologischer Fragestellungen (Darm, Lunge, Prostata, Brust, Schilddrüse), Infektionen sowie chronische Erkrankungen wie COPD und Fibrose.

Forschungsangebote und Services

  • Biomarker-Screening: Effizientes Auffinden von Biomarkern durch Anwendung von Hochdurchsatz-Technologien (DNA/Protein- Microarrays, Next Generation Sequencing) auf der Basis von RNA, DNA(-Methylierung) oder Autoantikörpern.
  • Validierung von Biomarkern und Entwicklung von diagnostischen Assays:Design, Etablierung und Anwendung von multiplex Assays, Validierung der Biomarker mit speziellem Augenmerk auf den Einsatz Klinik-tauglicher und kostengünstiger Technologien (z.B. Luminex Bead Arrays, Protein-Microarrays, Peptid-Arrays).
  • Begleitung von Therapiestudien in klinischen Phasen (I-IV) mit Hilfe von Omics- Technologieplattformen (insb. DNA-Methylierung und Autoantikörper) zur Stratifizierung und für das Monitoring von Patientenkohorten (Companion Diagnostics)
  • Bioinformatik & Software-Lösungen: Anwendungsspezifische Softwarelösungen für automatisierte und durchgängig protokollierte Hochdurchsatz-Datenanalysen
  • Nukleinsäure-basierte Analysen im Microarray-, Sequencing- bzw. Hochdurchsatz-qPCR-Format (DNA, SNP, DNA-Methylierung, mRNA, miRNA) inklusive Probenvorbereitung und Extraktion von Analyten aus biologischen Proben (z.B. DNA, RNA aus Gewebe, Blut, Speichel, Exosomen etc.)
  • Analytische Validierung von Nukleinsäure-basierten Assays nach technologischen Richtlinien (z.B. MIQE) oder kundenspezifischen Anforderungen (zB ICH-Richtlinien, GMP, GLP, Isozertifizierungen etc.)
  • Protein-basierte Assays für die klinische Forschung und Diagnostik sowie deren Transfer auf maßgeschneiderte und für den Markteintritt geeignete Technologie-Plattformen. 

Referenzprojekte

  • FP7: RESOLVE - Resolve Chronic Inflammation and Achieve Healthy Aging by Understanding Non-regenerative Repair
  • H2020: ULTRAPLACAD- ULTRAsensitive PLAsmonic devices for early CAncer Diagnosis
  • WWTF: Serum-autoantibody testing for early diagnosis of breast cancer 
  • FP7: EURHEALTHAGEING - European Research on Developmental, Birth and Genetic Determinants of Ageing
  • Early Diagnosis Consortium (EDC)
  • FFG – EpiTyp2: Epigenetik-basierte Typ-2-Diabetes Diagnostik aus Speichel und Blut

Publikationen

Immune-Signatures for Lung Cancer Diagnostics: Evaluation of Protein Microarray Data Normalization Strategies. Stefanie Brezina, Regina Soldo, Roman Kreuzhuber, Philipp Hofer, Andrea Gsur and Andreas Weinhaeusel. Microarrays 2015, 4, 162-187; doi:10.3390/microarrays4020162

The pre-analytical processing of blood samples for detecting biomarkers on protein microarrays. Sandra Rosskopf, István Gyurján, Johana A. Luna-Coronell, Klemens Vierlinger, Christian F. Singer, Christine Rappaport, Nina Pecha, Andreas Weinhaeusel. J. Immunol. Methods 2015, dx.doi.org/10.1016/j.jim.2015.01.009

Strategies for validation and testing of DNA methylation biomarkers. Christa Noehammer, Walter Pulverer, Melanie R Hassler, Manuela Hofner, Matthias Wielscher, Klemens Vierlinger, Triantafillos Liloglou, David McCarthy, Taylor J Jensen, Anders Nygren, Henning Gohlke, Geert Trooskens, Maarten Braspenning, Wim Van Criekinge, Gerda Egger & Andreas Weinhaeusel. Epigenomics 2014, 6(6), 603–622